Verotarkastus koostuu ajallisesti toisiaan seuraavista vaiheista:
Verotarkastus alkaa yleensä alkukeskustelulla verovelvollisen edustajien ja mahdollisten avustajien kanssa.
Alkukeskustelussa verotarkastaja selvittää tarkastuksen eri vaiheet sekä pyrkii saamaan kokonaiskuvan verovelvollisen toiminnasta. Alkukeskustelussa sovitaan myös tarkastuksen käytännön järjestelyistä, kuten työtilojen, apulaisten ja apuvälineiden käytöstä.
Alkukeskustelussa selvitetään yleensä mm. seuraavia asioita:
Verotarkastus voidaan suorittaa joko kokonaistarkastuksena tai osittaistarkastuksena. Osittaistarkastuksessa ei tarkasteta koko yrityksen kirjanpitoaineistoa. Osittaistarkastus on asiallisesti tai ajallisesti kokonaistarkastusta rajoitetumpi.
Aineiston tarkastamisessa selvitetään:
Tarkastettavaa aineistoa ovat mm. tilinpäätös, pää- ja päiväkirjat, tositteet, toimitusasiakirjat, pöytäkirjat, työ- yms. sopimukset, erilaiset ohjesäännöt, kirjeenvaihto, kirjanpito- ym. järjestelmien kuvaukset ja ohjeet.
Tarkastuksen yhteydessä voidaan tutustua verovelvollisen toimintaan suorittamalla esimerkiksi kiertokäynti toimitiloissa ja tarvittaessa haastattelemalla henkilökuntaa.
Verotarkastuksessa asiat pyritään selvittämään mahdollisimman yksityiskohtaisesti jo tarkastuksen kuluessa. Pääsääntöisesti selvitys tapahtuu suullisesti, mutta verovelvolliselta voidaan pyytää myös kirjallisia selvityksiä. Tarkastaja voi pyytää verovelvolliselta lisäselvityksiä ennen varsinaista kuulemista.
Verotarkastuksessa voidaan antaa ohjeita suullisesti taikka kirjallisesti osana verotarkastuskertomusta. Ohjauksen tarkoituksena on usein tiukentaa verotuskäytäntöä tulkinnanvaraisissa tilanteissa ja estää verovelvollista vetoamasta myöhemmin vilpittömän mielen suojaan.
Aineiston tarkastamisen jälkeen pidetään yleensä loppukeskustelu verovelvollisen edustajien ja mahdollisten avustajien kanssa.
Loppukeskustelussa verovelvolliselle kerrotaan tarkastushavainnot ja sovitaan keskeneräisten asioiden selvittämisestä. Loppukeskustelussa selvitetään myös tarkastuksen jatkotoimet ja niiden arvioitu aikataulu.
Tarkastushavainnot kirjataan verovelvollisen kuulemista varten alustavaan tarkastuskertomukseen. Se pyritään kirjoittamaan tarkastuskertomuksen muotoon. Verotusehdotukset ilmenevät alustavasta tarkastuskertomuksesta.
Kuuleminen tarkoittaa tilaisuuden varaamista verovelvolliselle mielipiteen lausumista tai selvityksen antamista varten. Tässä vaiheessa viimeistään on erittäin tärkeää kääntyä asiantuntijan puoleen, jos tarkastuskertomukseen liittyy verotusehdotuksia. Alustavasta tarkastuskertomuksesta ilmenee.
Alustava tarkastuskertomus laaditaan viivytyksettä mahdollisuuksien mukaan kaikkien verolajien osalta samanaikaisesti. Mikäli esimerkiksi lisäselvitysten hankkiminen olennaisesti viivästyttää alustavan tarkastuskertomuksen laatimista, siitä ilmoitetaan verovelvolliselle.
Alustavan tarkastuskertomuksen jälkeen annetaan varsinainen tarkastuskertomus. Verotarkastuskertomus on tarkastajan selostus suoritetusta tarkastuksesta ja siinä havaituista verotukseen vaikuttavista asioista sekä ehdotus toimenpiteistä, joihin näiden johdosta olisi ryhdyttävä.
Kun verovelvollista on kuultu varsinaisesta tarkastuskertomuksesta, verotarkastajan esimies hyväksyy verotarkastuskertomuksen.
Verotarkastuskertomuksen hyväksymisen jälkeen tarkastuskertomus lähetetään verotuksen toimittajalle.
Verotuksen toimittaja tekee tarkastuskertomuksessa ehdotetut verotustoimenpiteet itsenäisesti tarkastuskertomuksen ja muiden seikkojen perusteella. Ennen päätöksentekoa verovelvollista kuullaan.
Käytännössä tarkastuskertomuksen verotusehdotukset toteutuvat yleensä sellaisenaan, ellei verovelvollinen esitä jotain uutta selvitystä.
Verolle määrätään myös viivästymisestä johtuva veronlisäys sekä mahdollisesti korotus.
Maksuunpantu vero on maksettava maksulipun eräpäivään mennessä. Vero on maksettava, vaikka maksuunpanosta olisi valitettu, ellei täytäntöönpanoa ole kielletty tai keskeytetty. Jos veroa ei makseta määräajassa, peritään lain mukaiset viivästysseuraamukset.
Veroviraston verotus- tai maksuunpanopäätöksestä ei voi suoraan valittaa hallintotuomioistuimeen, vaan ensin on pyydettävä verolajista riippuen joko verovirastoa tai verotuksen oikaisulautakuntaa oikaisemaan päätös.
Jos verovelvollinen on tyytymätön oikaisuvaatimusta koskevaan päätökseen, hän voi hakea muutosta hallinto-oikeudelta.
Hallinto-oikeuden päätöksestä voi valittaa korkeimpaan hallinto-oikeuteen vain, jos korkein hallinto-oikeus antaa valitusluvan.